桂系岑春煊、莫荣新以军政府主席和粤督名义，命李根源继续统率滇军，结果导致驻粤滇军内部分化出来的两派发生了激战，互相火拼。
此后，驻粤滇军正式分裂为对立的两个部分，李烈钧、朱培德等人率领拥唐滇军战后退入湘南，该部约占驻粤滇军的五分之三。拥护李根源的滇军约占五分之二，在桂系的卵翼下改编为“海疆军”，后被响应孙中山护法号召的陈炯明粤军消灭 。
1921年，驻川滇军被川军打败撤离四川后，2月6日发生了驻川滇军第一军军长顾品珍一举驱逐唐继尧下台的事变，事变后滇军分裂为拥顾派和拥唐派。
随后滇军内部发生了一系列重大的改变，双方分化成两个阵营，从此内战不止。
1925年2月，爆发了第一次滇桂战争。
1930年4月，在蒋介石的支持下，龙云率部爆发了第二次滇桂战争。
两次战争，滇军均没有得到任何好处，堪称失败。
抗日战争时期：
1937年7月7日，日本军国主义悍然于卢沟桥畔挑起事端，中华民族到了生死存亡的危急关头，全民族团结起来一致对外。
战争初始阶段，日军攻势凌厉，很快占据华北、华东地区，历时三个月的淞沪战役也告失败，国军主力退出淞沪地区向南京撤退，日军跟进追击，此时此刻全国抗战形势严峻异常。
就在这个时候，国民政府在南京召开最高军事会议，要求各地有钱出钱、有力出力，保卫南京，共挽危局，“国家兴亡，匹夫有责”。
过去一向对中央政府“服管不服调”的云南省政府主席龙云一反常态，在会上慷慨陈词，率先表示云南愿出“雄兵二十万”，得到了政府的赞扬和各地的效仿。
云南地方报刊发出紧急通告要求度假和公务在外的军人马上赶回部队，并公布对阵亡和残废军人家属的优待政策，同时号召青年当兵。
云南此时将仅有的3万部队迅速集中到昆明和曲靖进行整编，光荣的国民革命军第60军从此诞生，卢汉被任命为首任军长，汇同因内战一直滞留在广东的“老三军”、在四川的新编第七师等老滇军一起，先期奔赴前线，同时组建了新部队——国民革命军陆军第58军和新编第3军，随即北上，可谓“抗战军兴”。
1937年10月12日，60军将士由军长卢汉将军率领在昆明巫家坝军营举行了盛大隆重的出征誓师大会，云南各界要员和群众数万人参加。会上民众献旗高呼口号，“卢军长，打！打！打！三师长，杀！杀！杀！誓灭倭寇，保卫祖国！”会后，在昆明人民的夹道欢送下，60军徒步40余日，从昆明到湖南长沙、常德一带集结待命。
同年11月，该部调往华东战场参与了南京保卫战。
